
Tras más de una década luchando por los derechos humanos en Siria, en diciembre de 1989, Aktham Naisse cofundó el Comité por la Defensa de las Libertades Democráticas y los Derechos Humanos (CDF). Primero en su género en Siria, el CDF empezó rápidamente a defender prisioneros políticos, a denunciar que aún estuviera en vigor la Ley de Emergencia siria de 1963 y a reclamar reformas políticas.
El mismo año, Naisse dio un paso más allá y comenzó a publicar un boletín bajo el nombre de Sawt ad-Dimuqratiya (Voz de la Democracia). Naisse se ganó la ira de las autoridades sirias – dirigiendo una ONG ilegal y publicando un boletín crítico para con el régimen.
Trabajar entre líneas no era en modo alguno nuevo para Naisse – durante casi 15 años había estado buscando permiso del gobierno para actuar abierta y libremente en cuestiones de derechos humanos en Siria.
El 18 de diciembre de 1991, tan solo unos días antes del segundo aniversario del CDF, Naisse fue arrestado. Siguieron las sesiones de tortura y tras un juicio categóricamente 'injusto', fue condenado a nueve años de prisión. Puesto provisionalmente en libertad en 1996, continuó sin embargo haciendo campaña ante las autoridades sirias a favor de los derechos humanos y democráticos, y mantuvo sus críticas fervientes del estado de emergencia, lo cual lo llevó a dar en prisión cinco veces más entre 1996 y 1998.
Inmediatamente después de su liberación definitiva en 1998, intensificó todavía más los esfuerzos del CDF al lanzar una campaña para que se levantara el estado de emergencia y se permitiera regresar a todos los exiliados sirios.
Casi un año más tarde, en 2000, el entonces presidente Hafez Al-Assad falleció; su hijo Bashar tomó las riendas al tiempo que prometía 'reformas políticas'. Con la liberación de 600 prisioneros políticos en noviembre de 2000 y una tolerancia renovada para con los grupos de la sociedad civil, Siria pareció estar acercándose a una nueva era bajo su nuevo joven presidente. Si bien emergieron más de 60 foros de discusión, la esperanza tuvo una vida corta, pues la oscuridad de antaño que los sirios conocían demasiado bien vino a instalarse una vez más.
En 2001 la gran mayoría de los recién fundados foros de discusión y los grupos de la sociedad civil habían desaparecido de nuevo y en junio de 2002 el Parlamento Europeo adoptó una resolución condenando el encarcelamiento de intelectuales y oponentes políticos sirios.
El 27 de agosto de 2003, el CDF fue cerrado, pero a pesar de las amenazas, Naisse no se echó atrás, liderando en lugar de ello el CDF con esfuerzos redoblados.
A principios de 2004 el CDF hizo pública una petición firmada por 7000 intelectuales que apelaban al fin de la Ley de Emergencia. El 8 de marzo de ese año, fecha del 41° aniversario del gobierno del partido Baaz, Naisse organizó una sentada pacífica frente al parlamento de Damasco, durante la cual los protestantes efectuaron llamamientos en favor de reformas políticas y la liberación de prisioneros políticos.
Según fuentes 700 manifestantes fueron arrestados, pero fueron liberados al día siguiente. Un mes más tarde, Naisse fue citado a comparecer ante los servicios de seguridad militar en Latakia, en el Oeste de Siria y arrestado.
Fue acusado de "oponerse a los objetivos de la revolución" y "diseminar falsas informaciones con el fin de debilitar al Estado" – cargos susceptibles de conducirlo a prisión durante 15 años.
En aquél entonces Naisse estaba acostumbrado a las tácticas draconianas de las autoridades sirias, habiendo sido blanco de amenazas y hostigamiento durante más de 10 años, que fueron en escalada hasta convertirse en un incidente al ser su madre golpeada por los servicios de seguridad en 2003.
La comunidad internacional de los derechos humanos se movilizó al instante, puesto que la FIDH, la OMCT, Frontline y la Red Euro-Mediterránea de Derechos Humanos, entre otros, publicaron llamamientos en favor de Naisse.
Mientras se encontraba en detención, el premio internacional de derechos humanos Ludovic Trarieux 2004 fue concedido a Naisse.
Estando en detención, a la espera de su juicio, Naisse sufrió un repentino ataque, habiendo sido privado de medicación para sus problemas de riñones y de corazón. Temiendo que pudiera morir, la Corte Suprema de Seguridad de Estado de Siria (CSSE) lo puso en libertad el 17 de agosto de 2004 bajo una fianza de 10 000 libras sirias y apeló a las autoridades a abandonar los cargos.
Tras varios aplazamientos sucesivos de su proceso – que culminó el 24 de abril de 2005 en una audiencia durante la cual más de 200 manifestantes protestaron frente a la CSSE en Damasco – Aktham Naisse fue absuelto por la CSSE el 26 de junio de 2005.
La noticia de su liberación fue celebrada en todo el mundo. Unos días antes de su juicio Naisse escribió a la Fundación Martin Ennals diciendo: "Me siento más motivado y feliz porque hay personas interesadas por nuestro problema, personas que se preocupan por nosotros y nos apoyan en nuestra lucha por la libertad humana. Ahora tengo la firme creencia de que sé que no estamos combatiendo solos contra las violaciones de derechos humanos."
El 12 de octubre de 2005, el Premio Martin Ennals para Defensores de los Derechos Humanos 2005 fue entregado a Naisse en una ceremonia celebrada en el Bâtiment des Forces Motrices de Ginebra, Suiza.
Naisse estaba bajo constante vigilancia en Siria hasta recientemente, en exilio interno desde que le fuera impuesta una prohibición de viaje en octubre de 2008. En 2011 el gobierno sirio lanzó una represión sangrienta de la oposición. En agosto de 2011 la ciudad de Latakia fue bombardeada por aire y por mar; afortunadamente Aktham Naisse logró escapar y encontrar refugio en Europa.